网箱下水1周后，就会吸附大量的污泥和附生海洋生物。这会影响水体交换，使网箱内的代谢废物和一些残饵得不到及时清除;网箱内的含氧量下降，放养密度过大的，就有可能危及养殖鱼类的正常的生命活动，诱发鱼病;牡蛎、藤壶等生物的壳的边缘锐利，容易擦伤鱼体造成继发性疾病，也会磨破网片导致鱼类外逃;增加箱体的重量，增加网箱对水流的阻力，影响网箱的使用寿命;滋生细菌、寄生虫，侵袭鱼体而发病。为了减少附着生物对网箱养鱼的影响，应及时清洗和更换网具。
1.机械清洗
使用高压水枪，以强大的水流将网箱上附着的污物冲落。机械清洗速度快，一般比人工洗刷提高工效4～5倍。
2.涂抹法
在网具上均匀涂抹由防污剂与载体制成的防污染料。这是一种化学防治的方法，是通过附着物接触、吸收防污剂而使其死亡或生长缓慢，以达到阻止、减少海洋生物的附着与生长的目的。一般可防止附着生物附着3个月。
3.生物清洗
鲻鱼、鲷科鱼类、罗非鱼、蓝子鱼等喜刮食附着性的藻类，基本依靠吞食丝状藻类、有机碎屑和残屑生长生活。利用这些鱼类的习性，在网箱内适当搭养这些鱼类，让它们刮食网上的附着生物，使网底保持清洁、水流畅通。这样既能充分利用网箱内的饵料生物，增加养殖种类，提高网箱单产，又能减轻劳动强度。
4.换网法
主要是根据网片的堵塞情况及时更换干净的网具。另外，根据鱼体的大小更换网目较大的网具。换网时，首先把空网箱靠近养殖网箱，将两个网箱的网缝解开后对接，连接成一个网箱箱体。将箱内的养殖鱼类赶到新网箱一侧，然后将两个网箱接缝解开后各自连接复原。换网时要防止鱼卷入网角内，造成擦伤和死亡。清洗和更换网箱应根据养殖情况而定，一般1～3个月进行一次。